La Puerto Rico Antidoping Organization contará con un Presidente Ejecutivo que tendrá la responsabilidad de liderar los esfuerzos para erradicar el dopaje del deporte, la facultad de crear, con base a la normativa antidopaje, paneles sujetos al código Mundial Antidopaje, comisiones permanentes u ocasionales; instalar un tribunal disciplinario de primera instancia, y designar un tribunal disciplinario de apelaciones, este último independiente de la Puerto Rico Antidoping Organization; y otras estructuras internas que permitan garantizar el tratamiento adecuado de los procesos de prevención, control y sanción del dopaje en Puerto Rico.
El Presidente Ejecutivo de la Puerto Rico Antidoping Organization será nominado por cualquiera de los integrantes del Consejo Consultor de la Puerto Rico Antidoping Organization. El nominado a presidir la Puerto Rico Antidoping Organization deberá ser confirmado por la mayoría más uno de los integrantes del Consejo Consultor. El nominado a presidir la Puerto Rico Antidoping Organization no podrá ser ningún integrante del Consejo Consultor. El Consejo Consultor, por iniciativa propia o a petición de la Puerto Rico Antidoping Organization, podrá destituir al Presidente de este incurrir en cualquiera de las causales presentadas en el Artículo 11 del Reglamento Interno de la Puerto Rico Antidoping Organization.
El nombramiento del Presidente será por un término de ocho (8) años. El periodo de inicio del término comenzará a dos años de iniciado el ciclo olímpico, es decir en año par que no coincida con las Olimpiadas de Verano. Un Presidente no puede aspirar a un tercer término consecutivo en dicho puesto.
Los términos de duración del nombramiento, así como los mecanismos para la destitución del Presidente estarán contenidos en el Reglamento Interno de la Puerto Rico Antidoping Organization.