El Secretario Auxiliar de Educación Montessori es la persona designada por el Secretario de Educación, responsable de dirigir la SAEM en el Departamento de Educación de Puerto Rico. Tendrá una experiencia mínima de cinco (5) años ejerciendo en una escuela Montessori y poseerá preparación y/o certificación Montessori, conocerá su filosofía, metodología y currículo. Dicho nombramiento será por un término de cinco (5) años.
El Secretario Auxiliar de la Secretaría Auxiliar de Educación Montessori será recomendado por un comité constituido por un representante del Instituto Nueva Escuela y dos (2) representantes de las escuelas Montessori del Departamento de Educación (director de escuela o maestro). El proceso no debe dilatarse por la ausencia de los dos (2) representantes de las escuelas Montessori.