La autoridad suprema en cuanto a la dirección del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres será ejercida por el Gobernador de Puerto Rico, pero la administración y supervisión inmediata estará delegada en el Secretario del Departamento de Seguridad Pública de Puerto Rico.
Se crea el cargo de Comisionado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres quien estará a cargo de las operaciones diarias del Negociado. El Comisionado del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres será nombrado por el Gobernador, con el consejo y consentimiento del Senado de Puerto Rico. La posición de Comisionado del Negociado será clasificada bajo el servicio de confianza y la persona nombrada ocupará el cargo a discreción del Gobernador. La persona que ocupe este cargo deberá tener el grado académico universitario de Bachillerato o al menos seis (6) años de experiencia en las áreas que maneja el Negociado, así como conocimientos y destrezas en administración y supervisión.
El Comisionado del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres establecerá por reglamento el orden de sucesión en caso de su ausencia, incapacidad o muerte.